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DNA 的多种面貌!第一个具酵素活性的 DNA 立体结构解出来了

2024-04-23 224

想到 DNA,我们大多数人心中都会浮现差不多的画面,长条型双股、扭转像彩带一样的那种,出现在各种 DNA 意象的双股螺旋图示。但事实上,DNA 不仅只能以那样的结构存在,它的功能也不只有做为基因遗传密码而已。

DNA 除了以双股螺旋的基因密码型态存在,也可以透过立体结构的折叠,变得具有酵素的活性,而在这种状况下,我们就称这样的 DNA 为脱氧核酶(deoxyribozyme)。来自西班牙以及德国马克斯普朗克生物物理化学研究所的研究者们,解出了第一个脱氧核酶的立体结构,也证实这样的结构比先前普遍认为的还要更有弹性。

早在二十多年前,当时的化学家就已经成功分离出脱氧核酶,并且了解到这样的一种特殊的 DNA 分子竟能拥有酵素的功能。然而,直到现在科学家才终于解出它的立体结构,并且根据立体结构得知这样的 DNA 分子是如何带有酵素的催化活性。

来自德国哥廷根马克斯普朗克生物物理化学研究所的研究者们,成功的在瑞士运用 SLS 同步加速器,以 X 光绕射脱氧核酶分子来解出它的立体结构。这项研究发表于知名科学期刊 Nature,现在已经可以透过计算机程序建构模拟这种“DNA 酵素”的晶体结构。

此研究中所使用的脱氧核酶是为了要用于解出催化活性,于实验室中合成的单股 DNA,这个结构可以催化两股 RNA 的相互结合,而在此研究解出了它的结构之后,这个结构编号为 9DB1。

▲ 脱氧核酶 9DB1 的结构图。绿色所标示的是合成的 DNA 股,可以催化以橘色标示的两股 RNA 相互结合。

参与这项突破性的研究的西班牙的科学家 Almudena Ponce-Salvatierra 表示:“我们解出了第一个脱氧核酶结构,这也是我们第一次能够从分子立体结构的角度,去探讨这种 DNA 分子为什么可以像一般蛋白质构成的酵素或者核酶(具有酵素活性,能够催化生化反应的一种 RNA 分子)一样具有催化生物化学反应的特性。”

在 1953 年之后华生(James Watson)及克立克(Francis Crick)发现 DNA 的双股螺旋结构之后,世人普遍对于 DNA 的认识就此定型,而这项研究却打破了长久以来大家对于 DNA 分子的固定认知,其实 DNA 分子并不是一定以双股螺旋的结构存在,DNA 的结构有着超乎我们从前认知的弹性,可以构成复杂的立体结构,有着除了携带遗传密码之外更多不一样的功能。

此研究作者 Ponce-Salvatierra 认为,这项研究成果将使得我们对于这种分子所参与反应的原理,有更进一步的认识。除此之外,脱氧核酶已经有许多可运用之处,它能够催化两股 DNA 或 RNA 的结合,可以修复 DNA 或 RNA 包含胸腺嘧啶(thymine,DNA 4 种含氮碱基 A、T、G、C 中的 T,容易因为两个嘧啶形成二聚体等原因造成突变或其他 DNA 损害)的组成成分,而如今有些关于脱氧核酶在医学上的应用已经进入临床试验阶段,在未来可望使更多人受惠。

  • First 3-D structure of the enzymatic role of DNA
  • Crystal structure of a DNA catalyst
  • Crystal structure of 9DB1* deoxyribozyme
2019-03-16 01:31:00

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